子宮内膜症は進行度によって治療法も異なります。軽度の子宮内膜症に対して保存的療法を試みるか、あるいは積極的な手術療法を試みるかということに関して、意見の一致をみていません。程度が進むと手術も必要となります。薬物療法は子宮筋腫症に対する薬物療法と同じでＧｎＲＨアナログやダナゾールを用います。