一つの方法は通常の手術と同様に開腹手術を行い、卵巣内のチョコレート嚢胞のみを摘出します。この際、健常な卵巣組織はできる限り残すようにします。いま一つの方法は腹腔鏡で見ながら行う方法です。腹腔鏡下手術は侵襲も少なく術後の回復も早いという利点があります。また、手術の際にレーザーという特別な装置を用いますと極めて的確な操作を行えます。

　不妊治療の手術は一般的産婦人科手術とはやや趣を異にしています、ただ病変だけを取り出せばよいのではなく、手術の後に妊娠しなければその治療は成功とはいえません。術後の障害を少なく、正常な機能を保つことが絶対必要です。