男性不妊の患者では染色体異常の頻度がやや高いと報告されています。実際ICSIの対象となる高度乏精子症の患者では、転座と呼ばれる染色体異常が6.3%にみられたという報告があります。これらの染色体異常を有する男性の精子にも染色体異常が起こる可能性がまり、それがICSIにより児に伝えられることもあります。しかし高度の染色体異常では大部分では着床から出産にかけ、流産などにより分娩には至りません。